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Sur lamp, les fichiers servis statiquement doivent être générés en latin1, sinon les accents sont cassés.
Une solution est de forcer le charset à UTF8 via :

(April) root@lamp:/var/www/media.april.org/txt# cat /etc/apache2/conf-enabled/charset.conf
(…)
AddDefaultCharset UTF-8

Mais cela a un impact sur tout les fichiers servis sur tout les sites de lamp.

Voir quel est l'impact réel de cette configuration (via fichiers statiques, php, perl, etc ?)

Exemple de fichiers à convertir :

(April) root@lamp:/var/www# find . -print0 | xargs -0 file | grep 8859 | head -n 1
./eucd.info/htdocs/documents/introduction.fr.tex:                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    LaTeX 2e document, ISO-8859 text